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午後試験対策で過去問をPCの画面上に表示し
メモを取りながら解いているのですが
どうしても紙ベースの時と比べて
アルゴリズム、アセンブラの正答率が下がってしまいます。

皆さんはどのようにCBT対策されてますか？
解く時気をつけていることなど教えていただけると嬉しいです。

私も本サイトの過去問をCBTで解答すると、紙ベースの試験より５～１０％程度、正解率が落ちますね。紙ベースの時は、問題文の大事な箇所には、線を引いたり、〇をつけたりしていたものですから。
今は、問題を解く時に、線を引く機能を使うようにしてから、大分、問題文が読みやすくなった気がします。
今まで、問題文の表やプログラム上で、計算やトレースをしていた作業は、ノートに書いて行っていたのですが、表などは殴り書きで汚く書くと、書き直しをしたり、見落としをしたり、却って手間がかかりました。何秒かの違いですので、丁寧に書いた方がよいような気がします。ここら辺のことは、個人差もあるので、やはり、過去問を多く解いて、自分なりの流儀を作っていくのがよろしいかと思います。
過去の掲示板の以下のものも参考になると思います。（私は質問者でも、回答者でもないのですが）
https://www.fe-siken.com/bbs/2654.html
なお、プロメテリック社のHPの当日の受験の流れもご参考に。（リンクを張れないので、プロメテリック□当日の受験の流れで、検索をかけるとすぐに見つかります。）

ご回答ありがとうございます・・！
やはり正答率は下がりますよね…。
こればかりは慣れと自分なりの方法を生み出すしかないと思いながら
丁寧に書き出してやってみたいと思います！