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サンプル問題を解いていますが、1問3分で解ける気がしません。
皆さんは時間余りましたか？
それともギリギリですか？

科目Bは1問5分(20問100分)あるのに、なぜ1問3分(20問60分)が目標なのかは置いておくとして。(見直し時間の確保？)

ある程度過去問や予想問題を解いたり学習していくなかで、1問1分程度で解ける問題も出てくると思います。
もちろん1問5分かかる問題もあるとは思いますが、それでも時間内には余裕をもって終わるボリュームだと感じています。

しっかり学習したうえで「1問3分で解ける気がしません」と仰っているのであれば、読む速度が遅いか、要点を押さえるのが苦手なタイプなのかもしれませんね。
仕方ないと開き直って時間ギリギリまで粘って解くか、過去の午後問を解きながら(特にセキュリティは)設問の回答に必要な問題文にマークするなどして、要点を押さえる練習をしてみてはいかがでしょう。

問題文を全て読まなくても、プログラム部と選択肢を見れば解ける問題や、ソートや探索のアルゴリズムを理解していればすぐ解ける問題等、５分かからない問題もあれば、問題文～プログラム部～選択肢を行き来してやっと解ける問題や、応用情報レベルの問題(採点無効問題)を出して時間を使わせる問題も出てきます。
結局は、ペース配分をしっかりすれば合格目指せると思いますよ。

あと、サンプル問題は５分以内解けるレベルです(2～3問除く)。